Mais même en ayant tous les ingrédients à la fabrication d’un corps humain, en les assemblant et les transformant, ça ne suffit pas à lier l’âme du défunt à ce corps. Un Homonculus est le résultat d'une transmutation humaine « ratée ». Il n’a pas d’âme, mais c’est un être humain artificiel parfait. Il lui reste tout de même des souvenirs et l’apparence de celui qu’on a tenté de ressusciter à cause des ingrédients utilisés à sa fabrication.
Chaque homoculus est lié a un de sept péché capitaux dont il prend le nom (Envy : envie, Lust : luxure, Pride : orgeuil, Wrath : colère, Gluttony : gourmandise, Sloth : paresse, Greed : avarice).
Ils possèdent aussi chacun un pouvoir particulier : tel que changer d’apparence, se liquéfier, allonger ses ongles et les transformer en lame acérée … Ils ne vieillissent pas et ne peuvent être tués par des moyens normaux. Ils sont donc immortels, à moins de leur enlever de la pierre philosophale incomplète qu’ils ont en eux. La pierre philosophale incomplète leur donne une capacité de régénération presque immédiate, ils ne peuvent donc pas mourir à moins de les mettre en présence des restes de ceux dont ils ont l’apparence ou de les "tuer" un très grand nombre de fois.
Les Homonculus veulent devenir humain grâce à la véritable pierre philosophale, mais ne pouvant pas utiliser l'alchimie n'étant pas "véritablement" humain, ils manipulent les autres alchimistes qui cherchent également la pierre, en semant divers indices qui les aideront à la trouver.
Ils possèdent un tatouage d'orobouros sur une partie de leur corps.
Pride : Nommé comme généralissime, c'est-à-dire, le plus haut grade de l'armée et donc chef de l'Etat, cet homonculus prend le nom de King Bradley. Il a donc un immense pouvoir de manipulation auprès du pays.
Il organisa d'ailleurs plusieurs massacres, prétextés dans des buts militaires, mais toujours pour la pierre philosophale.
Son tatouage d'orobouros, situé sur l'oeil gauche, est camouflé par son bandeau de borgne. Son pouvoir, "l'oeil ultime", lui donne une capacité visuel phénoménale, qui lui fait maîtriser jusqu'aux ondes sonores et souffles d'air, ce qui fait de lui un guerrier hors pair au combat.
Il a un fils adoptif et une femme afin de cacher sa véritable identité. C'est aussi le seul homonculus qui a la faculté de vieillir. Ce qui lui procure une grande protection sur le secret de sa nature d'homonculus.
Sloth : Un des plus récent homonculus, elle a été créée par Edward et Alphone lorsque ceux-ci ont tenté de ramener leur mère Trisha, décédée, par la transmutation humaine. Elle a donc l'apparence, la voix de Trisha et quelques souvenirs de celle-ci, mais ses sentiments envers ses fils sont tous sauf ceux d'une mère.
Son pouvoir est celui de se liquéfier.
Camouflant sa nature d'homonculus, elle s'est fait intégrer dans l'armée sous le nom de Juliette Douglas, et a été promue secrétaire du généralissime.
C'est d'ailleurs sous cette couverture qu'on la rencontre pour la deuxième fois : la première étant après la transmutation des Elrics, dans une bref image de créature à l'apparence non très humaine.
Wrath : Il a été créé lorsque le professeur Izumi a tenté de ressusciter son bébé mort-né. Elle y a perdu en échange plusieurs de ses organes internes.
La transmutation ratée, le bébé était alors devenu monstrueux. Izumi, apeurée, a préféré le laisser derrière "la Porte", qui apparaît lors de transmutations humaine. Wrath s'est donc développé derrière cette porte et a attendu ...
Jusqu'au jour où Edward apparu, après leur transmutation, pour sauver son frère. Il a traversé la Porte, et Wrath en a profité pour lui prendre sa jambe et son bras. Puis un jour, Wrath a eu assez de force pour pousser la Porte, et s'est retrouvé au monde extérieur. Il ne se souvenait de rien, jusqu'à ce qu'Envy lui fasse avaler de la pierre rouge qui réveilla sa nature d'homonculus.
Ayant le bras et la jambe de Ed, Wrath est le seul homonculus a pouvoir utilisé l'alchimie. Et jusqu'à l'obsession, il s'est convaincu que pour devenir humain, il devait prendre le reste du corps d'Edward et tout ce qui lui appartennait.
Son tatouage d'orobouros est situé sous le pied.
