La pierre philosophale, une pierre rouge sang légendaire, assurant le pouvoir à qui la possèderait. Mais le Full Metal Alchemist, à travers les recherches de Marcoh, vient de découvrir l'horrible vérité : pour créer cette pierre, il faut une grande quantité de vie humaine. Edward et Alphonse sont anéantis.
Alors que le major Armstrong veut rendre visite aux deux frères, le lieutenant Ross prétexte que les deux enfants, exténués sont partis se coucher. Egalement abasourdie par la récente découverte, elle s'inquiète à présent pour les Elrics.
Croyant bientôt retrouver leurs corps, Ed est totalement découragé malgré les protestations d'Alphonse qui ne veut perdre espoir et propose de réétudier les notes du docteur. Mais Edward s'énerve et involontairement, brise une tasse sur le visage de métal de son frère. Ross et Bloch se précipitent alors dans la pièce. Le lieutenant Ross, avouant avoir épier leur conversation sur la pierre, reproche à Ed d'abandonner ces années de recherches aussi facilement et parvient à le convaincre de perséverer.
Ed songe alors à une vérité cachée. Le sergent Broch le renseigne sur un cinquième laboratoire à l'abandon et situé à côté de la prison, où pourrait se dérouler idéalement des expériences de l'armée sur la fabrication de la pierre rouge. Edward s'apprête à aller le visiter mais le lieutenant l'arrête, lui rappelant la proximité de Scar et lui propose d'aller elle-même inspecter les lieux : offre qu'Edward ne refuse pas, au soulagement de Ross. Mais plus tard, Edward, déterminé, s'enfuit discrètement avec Al.
Scieszka, épuisée, poursuit son nouveau travail aux côtés du lieutenant-colonel Hugues qui ne cesse de la remotiver par des photos de sa fille.
Arrivés au laboratoire désaffecté, les Elrics y constatent l'étrange surveillance renforcée. Grâce à sa petite taille, Edward pénètre dans le bâtiment par un conduit tandis qu'Alphonse doit donc rester à l'extérieur.
A la bibliothèque, l'alarme retentit : Scar est à la recherche de Edward. Après avoir découvert sa localisation, il s'enfuit sous les coups de feu des soldats. Broch et Ross se rendent compte de la fuite des Elrics.
Envy, de retour de Liore, propose de se débarrasser du jeune alchimiste, mais Lust est persuadée qu'il accomplira leur projet.
Edward progresse dans le bâtiment, malgré les nombreux pièges présents. Excédé de toutes ces épreuves, il transmute le couloir, ébranlant les murs d'une pièce voisine recouverte de cercles alchimiques où git un homme inconscient. Il arrive à la limite du couloir et pénètre, peu rassuré, dans une salle. Un homme en armure, se nommant numéro 48, engage le combat.
Entre-temps, Alphonse s'impatiente, mais un deuxième homme en armure l'attaque : numéro 66.
Edward est surpris de la rapidité de son adversaire, et s'inquiète de la solidité de son bras, ignorant l'oubli de Winry d'une pièce de son auto-mail.
Il parvient à soulever la visière du casque de l'armure et abasourdi, ne voit qu'une marque d'ancrage et comprend que, tout comme Al, son ennemi est une âme dans une armure.
